有些情况下，必须做扁桃体摘除术，这种情况包括扁桃体过度肥大影响呼吸及引起阻塞性睡眠暂停记忆力减退。白喉（已很少见）也要做扁桃体摘除，在某些需要做扁桃体组织病理化验检查的情况下也可以做这个手术。所有的扁桃体周围脓肿者应该将脓液去除，小的脓肿或者脓液不多时可以直接用针穿刺后抽出脓液，大的脓肿需要在手术室里进行局部麻醉下手术切开引流。