如果患者仅仅是窦性心律不齐，身体没有出现其他不适症状，就可以进行肠镜检查。但是如果出现心慌、胸闷、气促、呼吸不畅、头晕、头疼等症状，就要怀疑是心脏器质性病变引起，不可以进行肠镜检查。需要进行心电图，24小时动态心电图，心脏彩超等检查，明确具体的心脏病，并根据检查结果，进行针对性的治疗。而肠镜可以在病情稳定之后进行，切记不可在患有心脏疾病期间进行， 以免引发严重的后果。