生殖器和肛周为好发部位，男性多见于包皮、系带、冠状沟、龟头、尿道口、阴茎体、肛周、直肠内和阴囊，女性多见于大小阴唇、后联合、前庭、阴蒂、宫颈和肛周。部分患者可出现异物感、痛、痒感。直肠内尖锐湿疣可发生疼痛、便血、里急后重感。