先治疗咽炎还是先治疗囊肿首先需要根据检查囊肿的性质和大小来决定。通常颈部出现囊肿多半是甲状腺囊肿或皮脂腺囊，如果通过影像学检查发现囊肿比较小，没有增大现象，也没有压迫到周围血管和软组织可以先不进行治疗，先针对咽炎治疗即可。如果检查发现囊肿生长速度快压迫到气管导致呼吸困难则考虑是否是恶变的可能，这种情况则需要及时通过手术切除进行治疗。