传染性软疣患者治疗首选刮除，以将皮损中的软疣小体完全挤出为目的，然后涂以碘酊，可有效去除皮损。其他如冷冻治疗、外用酞丁胺软膏或西多福韦软膏等均有效。避免到公共泳池游泳、使用公共洗浴设施、与他人合用毛巾等，可避免感染。同时尽量避免搔抓，防止自身接种传染。根据不同患者的病情才能进行针对治疗。