针灸理疗师证书的颁发机构主要由国家卫生健康委员会及其授权的相关部门或行业协会来执行，在中国，针灸理疗师的职业资格认证是由中国人力资源和社会保障部以及国家中医药管理局共同管理的。

具体来说，中国的针灸理疗师资格认证分为初级、中级和高级三个等级，每个级别的考核都包括理论知识考试和技能操作考核两部分，考生需要通过系统的专业学习，掌握扎实的中医基础理论，熟练的针灸技术和丰富的临床实践经验，在满足一定的教育背景、工作年限和业绩要求后，可以向所在地的卫生健康委员会或者人力资源和社会保障局提出申请，参加相应的资格考试。

考试合格者，将获得由国家卫生健康委员会统一印制并盖章的“中华人民共和国职业资格证书”，这是在国内从事针灸理疗工作的权威证明，一些行业协会如中国针灸学会也会提供相关的专业培训和认证，其颁发的证书虽然不具备法定效力，但在行业内也有很高的认可度。

针灸理疗师证书的颁发机构以官方为主，结合行业组织，旨在确保从业人员的专业素质和技术水平，保护公众健康权益，这也为针灸理疗师的职业发展提供了明确的路径和标准。