心理咨询师证书的颁发单位在中国主要由国家人力资源和社会保障部（原劳动和社会保障部）以及中国心理卫生协会来负责，这两个机构分别从职业资格认证和行业专业水平认证两个角度对心理咨询师进行权威认定。
国家人力资源和社会保障部是中国政府主管全国人力资源和社会保障工作的部门，其下设的职业技能鉴定中心负责心理咨询师的职业资格考试和证书发放，根据《中华人民共和国职业分类大典》，心理咨询师被列为专业技术人员，需要通过统一组织的职业技能鉴定考试，成绩合格者将获得由人力资源和社会保障部印制并颁发的心理咨询师职业资格证书，这个证书在全国范围内有效，是证明持证人具备相应职业能力的重要凭证。
中国心理卫生协会作为我国心理学界的权威社团组织，也承担着心理咨询师的专业水平认证工作，其设立的心理咨询师注册系统，旨在规范心理咨询行业的服务标准，提升行业整体素质，取得中国心理卫生协会颁发的心理咨询师注册证的人员，代表着他们已经达到了该协会设定的专业水平和服务质量要求，这在一定程度上也是对心理咨询师专业能力的一种认可。
心理咨询师证书的颁发单位既有政府部门也有行业协会，这种双轨制度既保证了职业资格的公正性和权威性，又强调了行业内的专业性和实践性，为我国的心理咨询行业提供了良好的人才评价体系。
