心理咨询师证书的发放机构主要由国家人力资源和社会保障部以及中国心理卫生协会等权威组织进行，在中国，心理咨询师职业资格认证制度是由政府主导，专业协会实施的一种职业技能鉴定体系。

人力资源和社会保障部是中国负责就业、社会保障和人才评价的重要部门，它制定并监督执行全国统一的职业技能鉴定政策，根据《中华人民共和国劳动法》和《职业教育法》，心理咨询师作为专业技术职业之一，其职业资格认证工作就隶属于该部门的管理之下。

中国心理卫生协会则是国内最具影响力的从事心理健康服务的专业团体，它在行业内具有广泛的影响力和公信力，承担着对心理咨询师进行专业培训、能力评估及证书颁发等工作，依据《心理咨询师国家职业标准》，协会制定了一系列严格的考试、实习和考核流程，确保每一位获得证书的心理咨询师都具备专业的理论知识和实践经验。

各地的人力资源和社会保障局以及心理卫生协会的地方分会也会参与到心理咨询师的培训与认证工作中来，他们按照国家规定，结合地方实际情况，为心理咨询师提供规范化的学习路径和资格认定。

心理咨询师证书的发证机关主要是国家层面的人力资源和社会保障部，以及行业内的权威组织——中国心理卫生协会及其地方分支机构，这些机构共同构建了我国心理咨询师职业资格认证的完整体系，保证了心理咨询行业的专业性和规范性，也为公众寻求专业心理咨询服务提供了质量保障。