按摩理疗师证书的办理主要涉及两个关键部门：人力资源和社会保障部以及相关的行业协会或职业鉴定机构。

人力资源和社会保障部是国家负责就业、社会保障和人才开发的重要部门，在中国，所有的职业技能资格认证都由其下属的职业技能鉴定指导中心进行管理和监督，按摩理疗师作为一项专业技能，其职业资格证书的颁发也遵循这一流程，申请者需要通过该部门组织或认可的考试，考核内容包括理论知识和实际操作技能，以证明他们具备从事按摩理疗工作的专业能力。

行业协会或职业鉴定机构也是重要的一环，在中国，中医推拿协会或者健康服务业协会等专业组织会提供按摩理疗师的专业培训，并协助进行技能鉴定，这些机构通常与人力资源和社会保障部有紧密的合作关系，他们的培训课程和考核标准往往被官方所承认，申请者完成相关培训并通过考核后，可以向这些机构申领按摩理疗师证书。

按摩理疗师证书的办理流程大致为：先选择一家由人力资源和社会保障部认可的培训机构参加培训，学习必要的专业知识和技能；参加由该部门组织或授权的技能鉴定考试，考试合格后，可以获得相应的资格证书，在这个过程中，行业协会或职业鉴定机构起到桥梁和辅助的作用，提供专业的教学资源和实践机会。

值得注意的是，不同国家和地区对于按摩理疗师的认证体系可能会有所不同，具体操作还需参照当地的政策规定，无论在哪里，持续的学习和提升专业技能，都是成为一名优秀按摩理疗师的关键。