在探讨“卫生部是否颁发针灸师证书”这个问题之前，我们首先需要理解中国医疗健康体系的构成和管理机制，中国的医疗卫生行业主要由国家卫生健康委员会（简称“卫健委”，原名为卫生部）进行宏观管理和监督，卫健委是中国政府主管全国公共卫生工作的部门，负责制定、实施和监督执行与公共卫生相关的政策、法规。

针灸作为中国传统医学的重要组成部分，其专业人员的资质认证在中国是由多个机构共同完成的，目前，我国对针灸师的资格认定主要是通过国家中医药管理局来进行的，该局是国务院直属机构，负责管理和指导全国的中医药工作，包括中医医师的资格考试和注册等。

针灸师的执业资格通常分为两个层次：初级（助理级）和中级（师级），取得这些资格需要通过相应的国家统一考试，考试合格后，由国家中医药管理局发放《中医类别医师资格证书》，这个证书在全国范围内有效，并且是针灸师合法执业的重要凭证。

值得注意的是，随着社会的发展和行业的规范，相关部门可能会调整相关政策，因此具体的要求和流程可能有所变化，建议有兴趣从事针灸职业的朋友，直接咨询当地卫生健康委员会或登录相关官方网站查询最新的政策信息。

虽然现在的卫生部已经变更为国家卫生健康委员会，但其职能仍侧重于整体的公共卫生管理和监督，而具体的中医类别医师资格认证工作则交由国家中医药管理局负责，针灸师的资格证书是由国家中医药管理局颁发的，这是他们合法执业的依据。