在中国，卫生健康委员会（NHC）是负责全国医疗卫生工作的主要机构，其对各类医疗专业人员的资格认证具有权威性，如果某项理疗师证书并未得到国家卫生健康委员会的认可，那么处理这种情况需要遵循一定的步骤和策略。

要明确这个理疗师证书的来源以及其在行业内的普遍接受程度，有些证书可能来自非官方或非主流的培训机构，或者是在国际上获得但在国内尚未被接纳的，对于这类证书，尽管可能在某些特定环境下有用，但并不具备国家级别的权威性和通用性。

你可以尝试联系发证机构，了解他们是否正在与相关部门沟通，争取得到认可，也可以咨询行业协会或业内专家，看看他们对此有何建议或看法。

再次，提升自己的专业技能和知识是非常重要的，可以考虑参加国家卫生健康委员会认可的相关培训课程，获取他们的证书，这将大大提高你的专业地位和社会认可度。

如果你的证书确实有其独特价值，例如它涵盖了一些国内尚未广泛普及的专业领域，你还可以尝试通过学术交流、发表论文、参与专业研讨会等方式，提高该证书在国内的知名度和影响力。

面对未被卫健委承认的理疗师证书，关键在于自我提升和适应环境，不断学习，增强自身实力，寻求行业内更广泛的认可，才是长远之计，也要积极关注政策动态，看是否有相关政策调整或新的认证途径出现。