心理咨询师证书的管理在中国主要由人力资源和社会保障部（原劳动和社会保障部）以及中国心理学会共同负责，这两个机构在规范和推动心理咨询行业的发展上起着关键作用。
人力资源和社会保障部是国家对职业资格进行统一规划、指导和监督的部门，它负责制定并发布心理咨询师的职业标准、培训大纲及考试制度等，通过其下属的职业技能鉴定中心或授权的相关培训机构，组织全国范围内的心理咨询师职业资格考试，获得合格成绩者，将由人力资源和社会保障部颁发相应级别的心理咨询师职业资格证书，这是进入心理咨询行业的准入门槛。
中国心理学会作为我国心理学界的权威学术团体，对心理咨询专业有深入的研究和丰富的实践经验，它不仅参与制定心理咨询行业规范，还提供专业的继续教育和培训，以提升心理咨询师的专业素养和服务质量，中国心理学会也承担了对心理咨询服务质量的评估和监督工作，维护行业的健康发展。
地方各级人力资源和社会保障部门以及卫生计生委也会根据各自职能，对本地区的心理咨询师进行管理和监管，确保服务质量和公众权益。
心理咨询师证的管理是一个多部门合作的过程，既体现了国家对职业资格的严格把控，又兼顾了行业发展的专业性与科学性，这样的管理体系有利于保证心理咨询服务的专业水平，保护消费者权益，同时也促进了整个心理咨询行业的规范化和专业化发展。
