康复理疗师证书的管理在中国主要由卫生健康部门负责，具体来说，国家卫生健康委员会（NHC）是统筹全国卫生工作的最高行政机构，它对包括康复理疗在内的医疗健康服务行业进行宏观管理和政策制定。

在实际操作层面，职业资格证书的发放和管理则主要由人力资源和社会保障部（MHRSS）来执行，对于康复理疗师这一专业技能人员，其职业资格认证通常需要通过统一的职业技能鉴定考试，该考试由各地的人力资源和社会保障局或其授权的培训机构组织。

中国针灸学会、中国康复医学会等行业协会也在康复理疗领域发挥着重要作用，它们不仅提供专业的培训课程，还参与标准制定，推动行业规范发展，但并不直接负责证书的颁发。

康复理疗师证的管理涉及多个部门，既有政策指导的卫生健康部门，又有执行职业技能鉴定的劳动社会保障部门，还有行业协会在专业技术领域的支持与规范，共同构建了我国康复理疗行业的管理体系，这样的设置旨在保证康复理疗服务的专业性和安全性，维护患者权益，促进整个行业的健康发展。