针灸理疗师证书是由中国政府相关卫生和人力资源社会保障部门颁发的，在中国，具体负责这项工作的主要是国家卫生健康委员会（原为中华人民共和国卫生部）和人力资源和社会保障部。

国家卫生健康委员会主要负责制定针灸疗法的相关政策、规范和技术标准，对针灸医疗机构进行管理和监督，并对针灸从业人员的专业能力进行评估，他们组织专家团队，根据《中医医师资格考试办法》和《中医类别医师执业注册管理办法》等规定，对申请者进行严格的理论知识和临床技能考核，通过者将获得“中医（专长）医师资格证书”，这在一定程度上证明了持证人具有从事针灸理疗服务的能力。

人力资源和社会保障部则从职业培训和职业技能鉴定的角度出发，设立并管理职业技能等级证书制度，对于针灸理疗师，他们可能会颁发相应的职业技能等级证书，如初级、中级、高级或技师、高级技师等，以体现从业者的技术水平和专业能力，这种证书通常基于中国国家职业分类大典，由各地的人力资源和社会保障局或其授权的培训机构进行考核和颁发。

针灸理疗师证书的颁发是一个严谨而专业的过程，旨在确保公众能够接受到安全有效的针灸治疗服务，同时也为从业者提供职业发展的依据和认可，无论是国家卫生健康委员会颁发的医师资格证书，还是人力资源和社会保障部颁发的职业技能证书，都是针灸理疗师专业能力和职业素养的重要证明。