在探讨工商联是否有资格发放理疗师证书的问题之前，我们需要首先理解工商联的性质和职能，以及职业资格认证的法律依据。

工商联，全称中华全国工商业联合会，是中国共产党领导的面向非公有制经济人士的人民团体，是党和政府联系非公有制经济人士的桥梁纽带，是政府管理和服务非公有制经济的助手，它的主要任务包括团结、服务、引导、教育非公有制经济人士，推动非公有制经济发展，促进社会主义现代化建设。

而理疗师证书，作为一种职业技能证明，通常由具备相应资质的职业技能鉴定机构或者行业协会颁发，在中国，这类证书的发放一般遵循《职业教育法》、《劳动法》等相关法律法规，由人力资源和社会保障部门认可的职业技能鉴定指导中心或行业协会进行。

从这个角度来看，工商联作为非公有制经济人士的组织，其主要职责在于服务和引导企业及企业家，并不具备直接发放职业技能证书的法定权限，理疗师证书的发放应由具有国家授权的职业技能鉴定机构或者相关行业管理部门执行。

工商联可以通过与这些有资质的机构合作，为会员提供理疗师培训，帮助他们提升专业技能，然后由合作的机构或相关部门发放证书，这种方式既符合法律规定，也能充分发挥工商联的服务功能。

工商联没有直接发放理疗师证书的资格，但它可以扮演一个桥梁角色，协助会员获取相关的专业技能培训，并通过合法途径获得相应的资格认证，这种做法既能保证证书的权威性，又能体现工商联对会员的专业支持。