子宫内膜异位症可能造成黄体功能不全，因为病人子宫内膜异位对自身卵泡的发育和成熟产生了影响，因此会造成黄体功能不全。女性流产的清宫手术也可能造成黄体功能不全，手术对子宫内膜的损伤会对卵巢功能造成影响，流产会使病人的黄体功能低于正常值，造成黄体功能不全。卵泡自身发育不良也可能造成黄体功能不全，卵泡自身的缺陷造成促卵泡激素分泌不足，卵泡数目和功能受到影响，造成黄体功能不全。