高潮后肚子疼的原因主要有生理性原因和病理性因素。同房时，男性阴茎的抽动会对女性阴道腹腔及盆腔器官产生剧烈刺激，造成身体表现出不随意收缩造成的疼痛，一般休息一会儿可自行缓解。病理性因素，如宫颈炎、附件炎、腹腔或盆腔本身存在的病变，在同房时，被冲击到有病变的部位，便会造成疼痛。或是因性知识缺乏，同房时动作过于急躁等原因造成。