顽固性便秘首先要除外器质性的病变，例如肠道的肿物会造成肠道变窄，进而造成梗阻，甚至便秘，因此说若是这种原因造成的，应当进行外科手术缓解症状。若是功能性的，没有器质性的病变，可以应用胃肠道动力药以及肠道益生菌群和通便药物等进行治疗。