阴茎皮下长小肉疙瘩最有可能是尖锐湿疣。尖锐湿疣是一种病毒疣，最先是皮肤小红疹，可以逐渐长大，形成乳头状、菜花状新生物，多发生在龟头、阴茎皮肤以及会阴部，可以单发也可以多发。可以将小肉疙瘩切除然后做病理化验，如果病理检查发现挖空细胞则可以诊断为尖锐湿疣。尖锐湿疣是一种性病，治疗多为手术切除疣体，但病毒会潜伏在体内，容易造成复发。