输卵管系膜囊肿如果比较小，大多是不会影响怀孕的。如果输卵管系膜囊肿比较大，虽然囊肿是一种良性肿瘤，大多不会影响到输卵管的走形以及精子和卵子的结合。但是如果囊肿比较大，可以压迫输卵管管腔，也会影响到输卵管的功能。如果输卵管系膜囊肿比较大，一般在孕前就需要经过腹腔镜手术切除。