跑步膝盖内侧疼考虑二个疾病可能性比较大。1、鹅足炎，鹅足位于膝关节内侧关节面下3-5cm处，由于反复慢性劳损刺激造成股薄肌、半腱肌等韧带止点表现出无菌性炎症，产生疼痛，临床上叫做鹅足炎，需要给予烤电、封闭、冲击波等方法治疗。2、膝关节内侧半月板损伤，在跑步运动过程中，冲击力挫伤造成内侧半月板退变性损伤，继而表现出疼痛、膝关节酸软，需要核磁进一步确诊，给予对症治疗。