跑步后肩膀疼的可能有肩周炎或者风湿性关节炎，跑步的时候前后摆动手臂会刺激肩关节周围有炎症的软组织，造成肩膀疼，还有可能是运动量过大或者姿势不正确造成的。病人要休息一段时间，可以进行热敷，如果症状没有缓解，要及时到医院检查，明确造成肩膀疼痛的原因，针对病因进行有效的治疗。