药流不干净清宫肯定会疼痛。因为药物流产残存的物质需要清宫处理，正常情况下不使用麻醉，用麻醉以后子宫变软，而且组织都在子宫壁上，这种情况要在B超下清宫比较好。有时一次清不彻底，需清宫两次。因此药流清宫会疼痛，因为医院目前没有药流，做清宫的也较少。过去做药流不用麻醉，因为会导致子宫穿孔，对子宫导致伤害。