任何药物或多或少都会对人体有一定的副作用，特别是艾滋病病人需要长时间同时服用多种抗病毒药物，这样更会导致药物在人体累积时间长，加强了毒副作用。艾滋病吃药的种类不同，副作用也会有所不同。其中常用的齐多夫定服用后可导致头痛、恶心、贫血等副作用。替诺福韦对肾脏的损伤比较大，可导致呕吐、腹泻、胃胀等消化道副作用。依非韦伦可导致皮疹、转氨酶水平增高、中枢神经系统损伤等副作用。此外，多数抗病毒药物都经过肾脏和肝脏代谢，对这两个器官的副作用较大。