治疗自身免疫性脑炎常用的方法是激素治疗法和免疫球蛋白治疗，通过这些抗体的免疫抑制来进行治疗，效果较好。常规的免疫抑制剂治疗，其消耗时间较多，疗程会比较长。另外，因为自身免疫性脑炎的病程较长，所以检查起来会更为复杂，治疗也相对较为困难。