脂肪酶广泛的存在于众多动植物和微生物中。正常来说，植物中含脂肪酶较多的是油料作物的种子，如蓖麻籽、油菜籽；动物体内含脂肪酶较多的是高等动物的胰脏和脂肪组织，因此这些成分能更有效的分解和利用脂肪。此外，细菌、真菌和酵母中的脂肪酶含量更为丰富，因此酸奶等发酵乳制品中含有更多脂肪酶。