母体的子宫有畸形，如双角子宫、单角子宫或者有子宫纵隔时，也可能造成胚胎发育不好，表现出自然流产。还有一部分原因来自母体因素，如母体有内分泌异常，甲状腺功能低下或亢进，有高泌乳素血症时会表现出胚胎发育不良。胚胎发育不好大多数会表现出自然流产，一小部分胚胎存活下来，表现出畸形胎儿。