胃间质瘤的治疗方法和其他一般肿瘤的方法相似，都是必须尽早采取手术切除的方法治疗。一般的手术方法有胃镜下切除术，开腹切除术，后者比前者使用更频繁，因为开腹手术切除肿瘤比较完全，但是风险会比较大，对病人的身体伤害比较大，一般是在癌肿较大的时候采用。临床上最常使用的是经腹腔镜治疗，这种方法不仅能有效的切除肿瘤，还能最大可能的保留正常的胃组织。