现阶段手术切除治疗是胃肠道间质肿瘤首选，并且是唯一可能治愈胃肠间质瘤的方法，早期瘤体较小并且黏膜突出明显者，可以进行镜下肿瘤切除这种切除术创伤性小，但可能会表现出胃穿孔，风险较高，一旦表现出穿孔，就需要手术修复。此外也可以选择腹腔镜联合电子内镜进行治疗，双镜联合手术安全性及术后恢复情况要比传统手术好，具有创伤小，恢复快，住院时间短。