肺脓肿多是因为致病微生物感染肺实质引起局部肺组织坏死性的病变，进而形成含有液化坏死物的脓腔。其细菌感染肺组织的途径有以下几点：首先，是口腔厌氧菌的误吸进入肺内形成了吸入性肺炎，严重者可导致肺组织的坏死形成肺脓肿。肺脓肿形成多是因为严重的牙病、癫痫发作、酗酒或者是昏迷时呕吐物误吸，还可以见于全身麻醉、镇静状态下而导致的误吸。此外，还可以因为继发某些疾病的基础上引起肺部感染，进而形成肺脓肿的并发症，例如肿瘤或异物阻塞支气管、脓毒血症形成肺组织局部感染坏死继而出现脓肿的血源性肺脓肿等。