肺炎衣原体感染，衣原体和人体的细胞都具有不含有细胞壁的现象，所以在治疗的过程中不可以应用β内酰胺类的抗生素治疗。需要选择应用抑制蛋白质合成。或者抑制mRNA合成，也可以应用抑制DNA合成的抗生素的药物治疗，主要是选择大环内酯类的抗生素，以及氟喹诺酮类的抗生素，能够有效地控制衣原体感染，也可以缩短疗程，防止出现严重并发症的现象。