肛门脓肿自行破溃或切开引流后形成肛瘘乃本病发展的必然规律。这是因为其原发感染内口的继续感染、直肠内的污染物不断的从内口进入感染灶，扩散到肛门直肠周围间隙，即使脓肿自行破溃或切开，其继发性外口已经出现，脓性分泌物可通过内口不断流向外口，由于长期的炎性刺激及反复感染，最终导致了肛瘘的形成。对此为了预防对肛门脓肿的手术应尽量采取一次性切开根治术，将其原发感染内口一并切除，临床肛门脓肿治愈的同时也预防了肛瘘的发生。