男性生殖器上长小痘痘可能是疱疹，例如因为感染单纯疱疹病毒而诱发生殖器疱疹，患者可能伴随出现腹股沟淋巴结肿大、发热、头痛、乏力等症状。其次，生殖器长小痘痘也可能是患有尖锐湿疣所致，通常和体内感染人乳头瘤病毒有关。此时患者可以遵医嘱使用抗病毒类药物治疗，例如干扰素、5%咪喹莫特乳膏等；也能选用激光、电灼、氨基酮戊酸光动力学疗法等方式进行治疗。