男性支原体感染是会影响怀孕的。支原体可以经过性传播，如果伴侣间有一方感染了，不及时治疗的话，会造成伴侣间交叉感染的。此外，支原体感染长久不愈，病情还会不断蔓延恶化，引发其它器官表现出炎症，比如男性的慢性尿道炎、前列腺炎等，这样不仅影响生育，对身体健康还会有很大的伤害。所以，建议暂时不要同房，最好夫妻双方一起同时接受治疗，待治愈后再进行备孕。