牛奶蛋白过敏是因为消化道屏障功能不成熟，小肠获得性免疫系统处理抗原的能力有限，接触过多的抗原或抗原破坏了肠黏膜自身的稳定，并且婴儿肠道正常的菌群没有建立，胃肠黏膜则会形成免疫炎症反应，则会出现呕吐、腹泻、肠绞痛等胃肠道不适症，也有可能会出现皮肤瘙痒、呼吸急促等过敏症状，乳糖不耐受是由于乳糖酶分泌过少不能完全消化分解母乳中的乳糖引起的腹泻，也可以出现肠绞痛。