牙根发黑是由龋齿造成的，因为牙根经常被牙龈覆盖，因此龋齿应当先拔掉再充填，它可能被结石覆盖，这将使牙龈缩小，可以经过刷牙或龈下洁治去除。牙根发黑也可能是根管治疗后整个牙齿变色，因为如果在根面上做一个完整的牙冠，是不可能覆盖的，根太深，就没有办法改变。