单纯的药物治疗不是治疗牙周病的主要手段，对于机械治疗无效的患者才考虑配合辅助用药。根据药物作用的范围，可以将药物分为全身用药和局部用药。全身用药不仅可以杀死牙周袋的菌致病菌，还可以通过血达到牙周组织内和牙周袋外部区域进一步抑制细菌的入侵，防止疾病的复发。此类药物可以有抗厌氧菌的治疗，包括甲硝唑、替硝唑、奥硝唑等等，但是这些药物对妊娠妇女及哺乳期的妇女以及儿童不建议使用的。还可以配合大环内酯类、头孢类的抗生素，如罗红霉素、头孢拉定等，这些可以联合用药。