早晨起来肚子疼是是比较多见的症状，原因比较多，多见于腹腔内脏病变，上腹部疼痛可能是肝脏疾病，胆囊疾病或者是急慢性胃炎，胃溃疡，十二指肠溃疡等，中腹部疼痛可能是用小肠，结肠疾病，可能是饮食不卫生，吃生冷食物造成的炎症，下腹部疼痛可能是乙状结肠，直肠疾病，也可能是有泌尿系感染，结石等原因造成的，查找具体病因，及时治疗。