无痛胃镜麻醉一般无危害，但极少数病人可能会表现出低血压、心率加快等不良反应。部分病人不能做无痛胃镜，如严重的心肺功能疾病、窦性心动过缓、心功能不全、严重的心脑血管疾病，甚至年纪偏大的病人；儿童可以做无痛胃镜。无痛胃镜麻醉剂是短效的麻醉剂，起效快、苏醒快，药物可以很快经过肾脏代谢，是相对较安全的一种麻醉。