注射长效青霉素后，最多见的副作用是注射局部表现出疼痛、压痛等刺激症状，有时还会表现出肌注区周围神经炎。长效青霉素过敏反应也比较多见，发生率约为5%～10%，多见的是皮疹、哮喘发作、药物热、白细胞减少、间质性肺炎等，严重时可造成过敏性休克，一旦发生，必须及时抢救。此外，长时间应用青霉素可能会发生二重感染、维生素B族缺乏等。