慢性萎缩性胃窦炎可采用三联疗法或者四联疗法进行治疗。慢性萎缩性胃窦炎主要是因为胃窦黏膜感染有幽门螺旋杆菌所造成的，可以服用一种胃黏膜保护剂，一种质子泵抑制剂或者H2受体拮抗剂，一种对幽门螺旋杆菌敏感的抗生素进行三联治疗。但是如果患者病情较为顽固，幽门螺旋杆菌的耐药性较强，还需要采用四联疗法进行治疗。也就是在三联疗法的基础上再增加一种不同类别的敏感抗生素。