慢性菌痢的治疗原则如下：正常情况下，为消除感染，提高机体抵抗力和调整肠道功能，治疗方面可以采用全身和局部相结合的治疗原则。可以联合两种不同类型的抗生素来进行药物治疗。也可口服镇静药物和解痉止痛的药物来治疗肠道功能紊乱。此外近期还要防止过度劳累，注意腹部的保暖，不要着凉，还要少吃生冷刺激性的食物。