根治慢性胃肠炎需根据病因以及病理分型进行判断。临床上慢性胃肠炎主要分为感染性胃肠炎以及非感染性胃肠炎两种类型。如果病人是由于结核感染或者其他病原微生物感染所造成的慢性感染性肠炎，需要根据病原微生物情况，在医生指导下进行抗感染治疗，如左氧氟沙星类。如果经检查没有明显病原微生物感染，需要考虑非感染性慢性肠炎。其中多见于自身免疫相关性肠炎，需要在医生指导下给予免疫抑制治疗。