慢性肠炎如果是因为细菌感染导致的疾病，可以服用红霉素、庆大霉素以及头孢菌素等药物去治疗；如果是寄生虫感染导致的疾病，可以选择吡喹酮去治疗；如果是真菌感染导致的疾病，可以使用制菌霉素以及两性霉素去治疗。服用制菌霉素病人可能表现出乏力、恶心、腹泻等情况，本身对该药物过敏的病人禁止使用该药。如果是病人表现出了腹痛、肠痉挛等情况，需要遵医嘱使用解痉镇痛的药物，如山莨菪碱等去治疗。