急性细菌性痢疾肠道的改变，在结肠镜下可以见到急性期黏膜弥漫性充血水肿伴随大量的渗出浅表溃疡，偶尔有假性黏膜的形成。慢性期肠黏膜呈颗粒状，可以有溃疡或者是息肉形成。病变部位刮取分泌物做培养可以提高病原的检出率，如果做钡剂灌肠可以显示慢性期肠道痉挛，动力改变，结肠道消失，肠道狭窄，肠黏膜增厚或截断性的改变。