治疗食管损伤要清除所有炎症和坏死组织。根据不同的部位，用适当的方法确切闭合穿孔；矫正并除去食管穿孔远侧梗阻。当损伤发生在食管梗阻的近段或在梗阻的部位，或当诊断过晚（一般＞24小时），直接修补损伤的食管则是禁忌的。