怀孕40天能不能做B超查出孕囊，要根据月经的情况，包括着床的情况才能进行判断。如果月经每次都会有提前，在40天的时候可以用B超监测出来，可以看到孕囊。如果月经每次推迟5-7天，按照推迟的时间计算，怀孕40天有可能会在33天左右，在进行B超监测的时候可能没有办法看到孕囊，需要在怀孕45天左右的时候再去医院进行B超的监测。如果你既往月经周期比较规律的话，30天左右，一般月经停止42天左右做B超检查，是可以看到孕囊位置，有无卵黄囊及胎心，如果月经推迟，相应往后退。