怀孕三个月有褐色分泌物，是先兆流产的表现，考虑是阴道少量出血。这种情况可能是宫腔出血，是胎盘低等表现造成，再就是也可能是宫颈糜烂或是宫颈息肉以及阴道炎等造成的少量出血。需要去医院检查超声观察胎儿在宫内的情况，观察胎盘的位置，检查是否有造成出血的原因。检查分泌物看一看是否有炎症感染的表现，经过检查确诊病因。