巧克力囊肿手术之后怀孕的几率还是比较大的。巧克力囊肿是属于良性的囊肿，一般都是由于子宫内膜异位在卵巢上形成的肿物，如果囊肿比较小的时候，一般不用做特殊治疗的，如果囊肿比较大的时候是需要做手术治疗的，做过手术之后一定要等三个月之后再开始备孕，因为刚做过手术之后，卵巢是比较脆弱的，恢复起来需要一个过程，这个时间段如果怀孕，可能会影响到胎儿的质量。