子宫巧克力囊肿主要是由于子宫内膜异位症造成的，异位的子宫内膜随着月经周期的变化，而表现为囊肿逐渐增大，并进行性的加重。早期比较小的囊肿，可以给予药物治疗。如果疼痛严重，可以考虑手术治疗手术。如果年轻女性希望保留生育功能，仅切除囊肿，术后配合药物治疗。如果是没有生育要求，可以考虑行子宫及双侧附件切除术，需要根据异位囊肿，是否在其他器官有异位的情况，术后配合药物治疗。